Klasztor OO. Bernardynów znajduje się przy kościele parafialnym św. Stanisława Kostki, który został powierzony duszpasterstwu parafialnemu bernardynów przez biskupa zamojsko - lubaczowskiego Jana Śrutwę w dniu 13 czerwca 2001r. W uroczystość Bożego Ciała, 14 czerwca 2001r., prowincjał bernardynów o. Romuald Kośla, w stojącej przy kościele plebanii erygował dom zakonny. Uroczyste przejęcie placówki przez bernardynów miało miejsce 24 czerwca 2001r., a uroczystość intronizacji Cudownego Obrazu Matki Bożej Sokalskiej odbyła się w dniach 7-8 września 2002r., po przeprowadzeniu koniecznych prac remontowo - renowacyjnych w kościele. Wcześniej, 19 sierpnia 2002r., podczas Mszy św. koncelebrowanej w Bazylice Matki Bożej Anielskiej w Kalwarii Zebrzydowskiej, Ojciec Święty Jan Paweł II poświęcił nowe korony dla Matki Bożej Sokalskiej i Dzieciątka Jezus. Głownym zadaniem bernardynów w Hrubieszowie jest duszpasterstwo parafialne i szerzenie kultu Matki Bożej Sokalskiej. W 2009 r. kościół w Hrubieszowie został ustanowiony diecezjalnym Sanktuarium maryjnym.  

Wspólnota klasztoru:

O. Juliusz Chłanda - kustosz sanktuarium, gwardian i proboszcz parafii
O. Bruno Nocoń - wikariusz klasztoru i parafii
O. Oktawian Jusiak - profesor w Państwowej Akademii Nauk Stosowanych w Chełmie